國立清華大學和國立新竹教育大學整併案是指自2006年來，中華民國國立新竹教育大學在改制為教育大學後，開始和國立清華大學共同推動的國立大學整併案。受到少子化衝擊，臺灣許多大學招生出現問題，中華民國教育部因而開始積極推動大專院校整併工作，但過程遭遇許多困難^[1]。2006年，清大和竹教大開始洽談合併事宜；但經長期討論後，清大在2009年發函至教育部報告暫緩。2011年，清華大學和新竹教育大學再度恢復討論，並積極推動整併案。2015年，兩校同時具函至教育部並提送合校意向書。2016年10月14日，兩校合併案獲得教育部核定。^[2]11月1日，兩校正式合併為「國立清華大學」。

隨著中華民國少子化問題日趨嚴重，導致入學學生逐漸減少^[3]，中華民國教育部因而提出整併大專院校構想^[4]。在105學年度時，因為適逢虎年學生進入大專院校^[5]，就學人數便減少6萬人^[4]，新生人數也是首次低於25萬人^[6]。根據教育部統計，大專校院和專科學生在102學年度雖然有113.5萬人，但預估112學年度僅剩82萬人，10年內將減少31.5萬名學生，大學亦會短缺300億元學費收入^[6]。由於少子化困境、國內大學過多、招生困難和高等教育資源有限^[3]，教育部決定將高等教育政策朝向法人化與大學整併方向進行^[7]，包括積極推動各地區國立大學、私立大學整併案^[8]，並希望私立大學設置退場機制^[4]。

雖然原本規劃在大學數量減少後，得以優化研究教學和學生學習，且透過整併、提供資源來提升高等教育和區域大學競爭力^[7][9]。但國立大學整併案的推動過程，常因不同行政體系整合、科系整併、教師員額增減、財務整併等問題而面臨困難^[10][11][12]。2010年，為提早因應少子化影響、及處理國立大學整併案多年推動未果，立法院提議修正《大學法》內容，讓教育部具有實權，得以在評估高等教育資源後，主動推動國立大學整併^[8]，亦能主動介入合併案紛爭^[9]。2012年，教育部部務會報經審查後，也通過《國立大學合併推動辦法》，有權不需校務會議同意，便要求國立大學整併^[13]。教育部還為此組成合併推動審議會，公布整併藍圖，開始進行大學整併工作^[13]。

2015年，教育部宣布新學年度起將針對少子化做出因應，計畫159所公私立大專院校，在未來8年間減少50所^[14]，而51所公立大學將在2023年整併成8所至12所^[8]。教育部計畫在部會主導、學校自發的雙軌方式下^[9]，整合位置接近的學術領域資源^[11]，每個縣市僅留下1所公立大學，108所私立學校則減少20所至40所，並計畫增加北部學校數量、減少南部學校數量^[14]。教育部還將系所招生名額，從原來3年註冊率達70%的減招標準，縮短至2年註冊率未達70%就停招^[14]；同時要求各間大學重新檢討博士班招生名額，要求盡速減招，以避免多年培養的高階人力浪費，而計畫減少2,000多個名額。